一、深圳港积极应对严峻挑战。受全球金融危机的影响，以外贸转口为主的深圳港经受了严峻考验。2008年，深圳港货物吞吐量2.11亿吨，增幅为6.01%，其中外贸货物吞吐量1.62亿吨，增幅为6.06%，集装箱吞吐量为2141.62万标箱，增幅为1.50%，比上年增幅下降12.76个百分点。进出港旅客358.8万人次，下降15.78%。深圳港采取了稳定外贸箱量、加大港口内贸和国际中转业务，向船公司资助港航产业政府财政资金等多项应对措施。深圳市政府与中海签署《战略合作框架协议》。盐田国际开通内贸集装箱业务，并与中国外运广东公司签署战略合作框架协议。双方将在华南沿海码头、仓储、支线运输以及其他物流领域等实现强强联合。蛇口集装箱码头积极拓展近洋航线。深圳港先后开通了盐田国际至湖南醴陵、江西龙南、云南昆明，西部港区至长沙的海铁联运五定班列。

二、《深圳港总体规划》通过市政府审议。10月9日,深圳市政府常务会议审议并原则通过了《深圳港总体规划》。新规划的深圳港岸线66.9公里，是目前港口岸线的两倍。新规划对港口功能及布局进行重新定位，将形成“两翼”、“六区”、“三主”的总体格局。“两翼”指东、西部港口群,“六区”指东部的盐田、龙岗港区,西部的南山、大铲湾、大小铲岛和宝安港区,“三主”是指以集装箱运输为重点,体现深圳港核心竞争力的盐田、南山和大铲湾三大主体港区。

三、深圳前海湾保税港区获国务院批准。10月18日，国务院正式批复同意设立深圳前海湾保税港区。保税港区规划控制面积为3.71平方公里。前海湾保税港区的设立将对深圳港的持续快速健康发展发挥重要作用，对加快与香港共同构筑现代化国际航运中心和物流中心进程，推动深港两地产业合作，实现区域经济持续发展，具有十分重要的战略意义。

四、深圳港四码头被列为首批海峡两岸海运直航开放港口。11月４日，《海峡两岸海运协议》签署，大陆63个港口被批准为首批开放港口，其中深圳的蛇口、盐田、赤湾、妈湾四家码头进入首批开放港口之列。12月17日23时，从台湾高雄港直航深圳港的中海“新非洲”集装箱班轮靠泊蛇口集装箱码头8号泊位，标志着两岸海运直航业务在深圳港正式开通。

五、港口基础设施日趋完善。蛇口集装箱码头8号泊位、大铲湾集装箱码头（一期）3号泊位投入试运行。12月4日，盐田港集团与和记黄埔港口集团签订盐田东港区一期工程合作框架协议。12月18日，孖洲岛友联修船基地正式建成投产。该基地总投资27亿元，总面积约63万平方米，岸线长度3400米，是目前国内最大的单体修船厂，主要设施包括两座新建的超30万吨级和30万吨级的干船坞。

六、西部港区通航环境得到改善。12月10日，满载8400标箱、10万吨级的巴拿马籍集装箱船“MSC RANIA”轮顺利通过铜鼓航道，安全靠泊赤湾集装箱码头。。11月29日、12月25日，地中海航运载箱量11700标箱的“MSC Sola”轮和目前全球最大装载量为13798标箱的“MSC Daniela”轮分别经铜鼓航道顺利靠泊赤湾集装箱码头。

七、港口环保与节能工作取得初步成效。深圳港口企业在努力开拓港口业务、增加码头服务功能的同时，把环境因素融入到码头规划和设计等重大决策中，加快了资源节约型和环保型港口建设步伐。盐田国际实施的30多个环保项目一年节电500万度，节省燃油300万升；龙门吊“油改电”项目通过深圳市节能降耗评审验收。4月27日，盐田国际通过世界卫生组织考核，成为首批获得“国际卫生港口”称号的中国内地港口之一。蛇口集装箱码头“油改电”二期工程竣工投产，80%的场桥实现了电力化。招商港务“采用市电供电的轮胎式龙门集装箱起重机新技术研发”通过科学技术成果鉴定。赤湾集装箱码头场桥“油改电”自动取电系统通过鉴定。

八、港口设施保安工作稳步推进。深圳港认真履行SOLAS公约和ISPS规则，高度重视港口设施保安工作，将其与安全生产、危险品管理工作有机结合起来，形成体系。尤其在奥运期间进一步加强了港口设施保安工作，防止恐怖分子利用奥运会之机进行恐怖活动，确保港口生产正常运转。交通运输部港口设施保安检查组在深圳港检查时认为深圳港港口设施保安工作处于国内、国际领先水平。深圳港在国内率先成立深圳市港口设施保安协会。

九、深圳港荣获多项大奖。1月份 “中国港口综合竞争力指数排行榜”揭晓，深圳港因高速增长、节能减排等因素居“2007中国港口综合竞争力”榜首。10月份盐田国际连续五年获中国港口十强集装箱码头榜首，赤湾港航位列本年度第四位，而连续四年进入十强的蛇口集装箱码头此次未能跻身十强行列。招商港务进入内贸集装箱码头前五强行列。11月份第六届中国货运业大奖揭晓，盐田国际荣获 “最佳集装箱码头公司作业效率金奖”，盐田国际和蛇口集装箱码头荣获“综合服务 ‘十佳企业’”，盐田国际和大铲湾（一期） 荣获“科技创新最佳‘十佳企业’”，深圳港引航站荣获“十佳引航机构”。

十、成功举办大型国际港航会议。4月中旬首届全国船员发展大会和2008深圳国际海事论坛在我市举行。第二届泛太平洋海运(亚洲)会议9月在深圳举行。在全球众多航运业会议中，泛太平洋海运会议是最具影响力的一个，与“国际海运年会”齐名。成功举办了中国（深圳）2008国际物流博览会，这是继“高交会”、“文博会”之后，深圳市政府主办的又一个大型高规格博览会。