《马鞍山港口总体规划》(2003—2020)到2020年，马鞍山港将规划建设为七个港区和一个物流园区，年吞吐量达到7301万吨。马鞍山港1993年货物吞吐量为448万吨，2003年为1229万吨，年均增长率10.6%，2005年更是突破2000万吨，为马鞍山市的经济发展作出了重要贡献。但随着马鞍山港腹地经济的快速发展，其吞吐量增长势头迅猛，马鞍山港作为安徽的主要出海口岸，已不能满足吞吐量增长的要求，对马鞍山港进行新的规划已成为迫在眉睫的要求。

该规划按照符合马鞍山市经济、安徽省经济发展和沿江经济开发的需要，通过对经济腹地运输需求的调查研究，将港区功能进行了合理划分，力求将马鞍山港建成达到水陆域布局合理，港区岸线合理利用，建设一个为经济腹地提供综合物流服务的多功能、现代化港口。

建成后的马鞍山港将分为慈湖港区、中心港区、人头矶港区、太平府港区、江心洲港区、姑溪河港区和采石矶港区(旅游客运区)以及江心洲港口物流园区。

到2010年、2015年和2020年全港的吞吐量分别达到5886万吨、6674万吨和7301万吨。马鞍山港按照规划建设成功后，将成为马鞍山地区交通基础设施的主骨架，发挥其作为安徽省物资运输主要出海口之一的地位和作用，进一步发挥其作为全国内河主要港口的地位和作用，促进腹地内交通运输与外向型经济发展。