江西省交通厅航运管理局对内是省交通厅的职能机构，对外是代表政府对全省港口、水路运输、航运工程建设实施全行业管理的行政机关。
　　赣州、吉安、南昌、宜春、上饶（设在波阳县）、九江、抚州、景德镇、鹰潭、新余、萍乡等设区市设港航管理处（所）。港航管理处（所）是设区市交通局下属水运行业管理职能机构，业务上受省航运管理局的指导、协调和监督，负责行使辖区内水运行业管理职权。
　　赣县、会昌、于都、南康、上犹、信丰、宁都、万安、泰和、吉安、吉水、峡江、新干、南昌、新建、进贤、安义、袁洲、樟树、丰城、高安、上高、分宜、九江、彭泽、瑞昌、武宁、湖口、德安、永修、吴城、蛤蟆石、星子、都昌、波阳、弋阳、余干、万年、临川、南城、乐平等县（市）设有港航管理站（处、所），是县（市）交通局下属行业管理职能机构，又是设区市港航管理处（所）的派出机构。
　　江西省交通厅航运管理局主要职责如下：
　　1.贯彻执行国家对水路运输的方针、政策、法令，研究制定地方性水运经济技术政策、法规和制度，并组织实施；
　　2.研究和指导全省水运建设规划布局，负责港口建设项目的审查；
　　3.负责全省港口的港务管理；
　　4.负责水运企业、港埠企业、水运工业企业开业、停业的审查签证，会同工商行政管理部门核发或撤消营业许可证；
　　5.负责国家和省政府下达的指令性运输生产计划的执行，跨省、跨区运输的综合平衡的协调安排，以及调解承托业务和港口业务纠纷。
　　6.负责全省水路运价、运输质量安全的检查监督一,统一印刷、管理全省水路运输运单票证及规费票证；
　　7.负责水运经济技术信息咨询和行业统计工作；
　　8.负责组织指导水运管理、港口管理人员的培训工作。
　　江西省交通厅航运管理局在上海、南京、武汉设有办事处，主要为江西船舶代办运输手续、货物中转、组织货源及提供其它服务。在南昌有四个下属单位：
　　1.江西省交通厅航运设计所；
　　2.江西省交通技工学校二部；
　　3.江西省航运管理局劳动服务公司；
　　4.江西航运物资供应总公司。