肇源港位于松花江上游左岸，黑龙江省肇源县境内，距哈尔滨水运里程196公里，距县城约4公里。
肇源港一般水深1．5米，可泊1000吨驳船10艘。地处黑龙江、吉林两省交界，并为第二松花江和嫩江的汇合处，经济腹地辽阔、水陆交通方便。水运上航可经大赉、江桥连接嫩江航线，下航可达哈尔滨及中下游沙河子、佳木斯等港站陆上交通有经县城至肇州肇东和哈尔滨的公路距县城70公里建有新肇火车站，通过铁路可达大庆市和吉林省。

早在30年代初期，肇源港的水运就比较活跃。当时，在哈尔滨—肇源—大赉航线上运行的船舶较多。即有官办船舶运行，也有私人和日本人经营的船舶运行。当时，肇源港口码头处于自然状态，既无停靠设施，也无机械设备，均由船主自营装卸。

中华人民共和国成立后，于1953年正式建立了隶属于哈尔滨港务局的肇源营业站，并兼营上游的马克图、大庙子、三站等简易站点的水运业务，成为松花江上游的航运中心。

由于工农业生产的不断发展和货运量的逐年增加，简陋的肇源码头已不适应港口装卸的要求，黑龙江航运管理局于1956年投资135万元，建设肇源航运站，修建了码头1000延长米扩建货场5000平方米，港区道路2000延长米，建筑靠船水泥墩4座，初步改变了港口的落后状态。1960年又投资修建石砌斜坡式护岸，共有客运、杂货、粮食、木材、煤炭、石油、砂石等10个泊位，货场总面积9．2万多平方米。候船室1栋（270平方米）仓库2栋（800平方米），各类机械41台组，码头船1艘，港作（兼供电）船1艘，搬运汽车2辆。

肇源港对于煤炭、砂石等散货使用皮带输送机作业；木材使用起重机作业；杂货及粮谷基本上为人力操作。装卸机械化操作比重为85%左右，港口日通过能力为1500吨左右。

肇源在1953年建站时，港口吞吐量仅有8000吨，翌年上升为7万余吨。1959年达到14．9万吨。“文化大革命”期间，港口年生产量徘徊在8万吨左右。1977年，吞吐量开始回升，达到12．4万吨。1983年港口吞吐量首次突破20万吨，创造了历史最好水平。1985年的港口生产再创历史最高记录，吞吐量达到24．9万吨，比1977年增加了1倍，比1953年提高了30倍。肇源港已成为黑龙江水系中小港站之首。黑龙江航运管理局于1983年将肇源港务站升格为肇源港，由松花江航运局与肇源县政府双重领导，以局为主。设有书记兼港长及副书记、副港长等职。港下设货运、调度、客运站、办公室、公安派出所等单位。另有集体所有制的装卸公司，经济上实行独立核算，自负盈亏。

肇源新港简介

肇源新港建设工程是黑龙江省“十五”期间水运重点建设项目，该工程于2003年9月开工，2005年10月全部完工并进行试运行， 2006年5月底前进行正式竣工验收后投入使用。

肇源新港工程总投资4,710.31万元，建设地点位于肇源城西3.5公里，松花江左岸滩地，松花江大桥东500米处。地理坐标东经125°05′，北纬45°31′。新港建设规模为年设计吞吐量80万吨，主要建设内容包括：新建3个泊位，码头岸线长度200米；港区陆域面积123900平方米；港内道路16982平方米；建设四级标准疏港道路3.084公里；建设生产生活辅助设施建筑面积3701平方米。该项目是黑龙江水系到目前为止实施的第二大港口建设工程，投资规模仅次于佳木斯港杏林河外贸码头。

工程水工建筑结构为重力式钢筋混凝土空心方块结构，高程为128.30米。装卸工艺采用台架起重机装卸船。港口水域包括生产、辅助及生活区三个部分，生产区包括前方作业地带、仓库及堆场。

前方作业地带宽20米，设有门机轨道、排水沟。在江砂泊位和煤炭泊位后方设置相应的江砂堆场及煤炭堆场，在件杂泊位后方设置件杂堆场及仓库。江砂堆场面积13440平方米，容量78792吨；煤炭堆场面积13440平方米，容量37209吨；件杂堆场总面积为10885平方米。

辅助区设有工具库、机加机修车间、变电所、流动机械库、消防水池、地磅房等。

生活区有综合楼（包括办公室、通信站、职工宿舍、浴室、小卖部、医务室、娱乐室等）、锅炉房、门卫等设施。
沿港区四周设有围墙，围墙总长度为1030米。

港内道路环形布置，港区地面向江心一侧倾斜，纵向坡度为1‰，路面为混凝土结构次高级路面。

作为黑龙江省第四大港的肇源新港，将成为大庆地区水上运输的大通道。通过新港，航道向上可延伸至齐齐哈尔，向下可通往哈尔滨、佳木斯、同江。外贸口岸建成后，可通过俄罗斯庙街到达韩国斧山及日本海，实现大庆水上运输的国际化，该港口也将成为大庆对外开放的又一重要窗口。

随着肇源新港的建成和松花江大桥的开通及交通环境建设的推进，将为大庆构筑公路、水路、铁路交通的立体网络格局，为石油、农产品外运创造便利条件，区位优势的提高，显现了地缘、地域经济发展的外向度，从而真正实现以交通优势、繁荣大庆地区流通业的目标。