2002年8月，安徽省水上交通管理机构，经皖编办〔2002〕91号文批准，由原安徽省航运管理局（安徽省港航监督船舶检验局）与安徽省航道管理局合并，更名为安徽省地方海事局（安徽省港航管理局、安徽省船舶检验局）实行一个机构三块牌子，主要职责是：贯彻执行国家有关水上交通安全监督的方针、政策、法规和技术规范标准;负责组织对船舶的注册登记，确认其所有权和批准其悬挂国旗的航行权；制定船员技术培训、考试发证管理制度，并实施跟踪监督管理；负责危险货物装运的监督，预防船舶污染水域;维护水上交通秩序，对主要水域实行交通管制，审批水上水下作业和制定水止禁航区域，组织指挥重大搜寻救助；对违反水上安全监督管理秩序的行为按管辖权限实施行政处罚;组织开展全省水上交通安全检查活动和省际安全管理联合行动，协调省际行业关系；统一订制并管理海事服装和标志。 
    安徽省现有水上交通管理机构是按照省、市、县、基层四级分别设置的。全省17个市均设有地方海事局（港航管理局），一个机构二块牌子。在蚌埠设立了安徽省港航管理局淮河航道局,主要是做好航道的养护建设、航标设置维护和清航打捞等工作。根据船舶检验工作的实际需要，分别在芜湖、蚌埠、合肥设立了皖江、淮河、江淮船舶检验局（船员管理中心）。为加强水运市场管理，纠正船舶、船员违章行为，维护水上交通安全，经省政府批准，在马鞍山设置了船舶证照检查站(水上交通安全检查站)。同时，在蚌埠设有一所省航运技工学校，负责全系统干部职工的培训工作。
    为充分行使管理港口职能，统一规范、统一管理、协调发展港口岸线资源，2005年3月22日，安徽省编办与安徽省交通厅在安庆市召开会议，对沿江四市现有港口体制进行了调整。2005年7月，根据皖编办〔2005〕25号文通知精神，安庆、池州、铜陵、马鞍山四市地方海事局（港航管理局）的港口行政管理职能下放至所在市港口管理局，其港口规费征收和管理工作仍由省局管理。