2005年吞吐量为872,569TEU，比上年增长5%，世界排名第八十八位。

由于马士基、APL和CP航运巨头调整了太平洋航线，原本靠泊曼萨尼约港的航线改为靠泊拉萨罗-卡德纳斯港，使曼萨尼约港2005年的吞吐量明显下降。

但是，2006年该港集装箱吞吐量又反弹上升了，2006年第一季度的吞吐量增长了35.9%。

导致2006年吞吐量增长的因素有以下几个方面：首先是亚洲进出口贸易额的增长；其次是德国汉堡南美航运公司把曼萨尼约港作为中美地区西海岸的中转港；再次是墨西哥本国经济的发展，其中进口量增加40%，出口量增加33%。

曼萨尼约港主要由SSA（墨西哥）、Ocupa和Timsa（由香港和黄控股）合资运营，所占份额分别为63%、25%和12%。