2005年的吞吐量为908,000TEU，比上年下跌0.9%，世界排名第八十五位。

因劳资纠纷和反对港口私有化，引发了马赛港在2005年内持续两周的码头工人大罢工，致使该港2005年的吞吐量下滑。

2005年10月，法国政府委派协调力强的盖·贾宁接替埃里克·布雷桑特为马赛港务集团局长。在新局长的调解下，马赛港效仿勒.哈佛尔港的做法，工会和港口局双方作出让步，并签订了一份合约，有利该港的长远发展。

2005年，马赛港虽然因受罢工影响而减少了吞吐量，但是，该港的扩建工程进度并未放缓。该港2005年投资了7240万欧元（约合9100万美元），用于新建两个集装箱码头。2006年，该港又投资了9000万欧元以完善基础设施建设。

新建的FosZXL是马赛港主要的集装箱码头，由Synergie码头集团负责运营，该集团由CMA、CGM和迪拜环球港口集团合资组建。