2003年，南京市港口管理局挂牌后开始与市交通局合署办公，并在市交通局增设港口管理处，受委托履行港口行业管理职能。

南京市港口管理局负责管理全市港口行政事务，包括贯彻执行国家有关法律、法规和规章，协同编制港口发展总体规划，对港口的岸线、陆域、水域实施统一的行政管理；负责征收和代征国家行政性收费，负责协调国家重点物资、军事及抢险救灾物资的运输等。 

南京港务管理局在分离行政职能后整体更名为南京港口集团公司，保留国有资产投资主体功能，并将深化港口集团的改制工作，成为多元投资主体的有限责任公司。