深圳港务管理局于1992年初成立。深圳港是我国第一个按照市场经济的要求实行政企分开管理体制的港口，政府负责港口规划建设、市场监督、安全管理等宏观管理工作。港口企业按照“统一规划、自我投资、自我建设、自主经营、自负盈亏”的模式发展。1995年底深圳口岸体制改革，设立深圳市港务管理局，成为市政府组成机构，行使对全市港口行业管理、规划建设、安全监督等行政职能。2001年深圳市实行体制改革，撤销原深圳市运输局、深圳市港务管理局，合并组建深圳市交通局，同时挂深圳市港务管理局牌子，行使深圳港的行政管理职能。