2003年1月，上海港口体制改革，原上海港务局行政管理职能改制为上海国际港务（集团）有限公司，新建上海市港口管理局，实现了政企分开。

上海市港口管理局是上海市人民政府负责港口和航运管理工作的职能部门。原上海港务局承担的港口行政管理职能和上海市城市交通管理局承担的内河港口、内河航运、水路运输等有关行政职能一并移交上海市港口管理局；撤销上海国际航运中心领导小组办公室建制，其职能由上海市港口管理局承担。根据国家有关文件，上海市港口管理局对洋山深水港区实施统一的港口行政管理