11月4日，《海峡两岸海运协议》在台北签署，海峡两岸双方同意相互开放主要对外开放港口作为直航港口，两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可后可以从事两岸间客货直接运输。 

根据协议，深圳港的蛇口、盐田、赤湾、妈湾港区和上海、宁波、秦皇岛、厦门等港口为开放港口，台湾方面开放基隆（含台北）、高雄（含安平）、台中、花莲等11个港口。 

在船舶识别问题上，双方同意两岸登记船舶自进入对方港口至出港期间，船舶悬挂公司旗，船艉及主桅暂不挂旗。双方同意在两岸货物、旅客通关入境等口岸管理方面提供便利。 

根据协议，双方按照平等参与、有序竞争原则，根据市场需求，合理安排运力。双方同意对航运公司参与两岸船舶运输在对方取得的运输收入，相互免征营业税及所得税。 

协议载明，双方积极推动海上搜救、打捞机构的合作，建立搜救联系合作机制，共同保障海上航行和人身、财产、环境安全。发生海难事故，双方应及时通报，并按照就近、就便原则及时实施救助。双方航运公司可在对方设立办事机构及营业性机构，开展相关业务。
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大陆方面开放六十三个港口，包括：丹东、大连、营口、唐山、锦州、秦皇岛、天津、黄骅、威海、烟台、龙口、岚山、日照、青岛、连云港、大丰、上海、宁波、舟山、台州、嘉兴、温州、福州、松下、宁德、泉州、肖厝、秀屿、漳州、厦门、汕头、潮州、惠州、蛇口、盐田、赤湾、妈湾、虎门、广州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、钦州、海口、三亚、洋浦等四十八个海港，以及太仓、南通、张家港、江阴、扬州、常熟、常州、泰州、镇江、南京、芜湖、马鞍山、九江、武汉、城陵矶等十五个河港。