据肯尼亚港务管理局（KPA）报告，肯蒙巴萨港2008年一季度货物进出量较2007年同比增10.5%，达420万吨，而去年同期吞吐量380万吨。

一季度，肯国内货物占整个港口吞吐量的70.5%，其次为中转运货物占26.4%，转船货物占3.1%。肯国内货物增加8.4%，达270万吨。转运货物上升15.3%，达110万吨。转船货物增加19.2%，达12.8万吨。受去年底肯政治危机影响，蒙巴萨港滞留堆积集装箱达到17000个。为增加港口吞吐量，在日本资助下，肯将投资3.174亿美元建设第二集装箱码头。

2007年蒙巴萨港口货物吞吐量共1590万吨，较2006年1440万吨增长10.5%。

报告指出，尽管如此，蒙巴萨港口的输送系统，道路和铁路的表现仍差强人意，进口货物清关和卸货速度还是缓慢。