大陆在1997年4月与台湾共同实施境外航运中心，两岸船只可直接往来高雄港与厦门、福州港，原本厦门、福州许多货物都经由高港转运，不过，近几年厦门港口设施日趋完善，使得高雄境外运中心的运量已连续三年衰退，未来情况也不乐观。 

境外航运中心是推动两岸直航的重要政策，不过，实施近十一年来，仍局限在高雄港与厦门、福州港，且近几年成效还逐渐萎缩。 

交通部航政司指出，境外航运中心运量在2004年达到最高点，货量约有67万TEU，之后年年下滑，2005年降为66万TEU，2006年减为61万TEU，2007年再降到57万多TEU。 

航政司分析，主要是厦门港口设施日趋完善，大型船舶可以停靠，很多货物可直接从厦门港送上货柜船出口到国外，不必再到高雄港转运，而厦门港口设改善主要也是大型船公司愿意投资，例如丹麦快桅在厦门港就建了三座深水码头，去年已陆续启用。