日前，国家交通部发文对厦门港跨行政区划对厦门湾港口资源进行整合实行一体化管理予以确认。文件还确认由厦门港口管理局依据《港口法》的规定，履行东渡、海沧、嵩屿、刘五店、客运、招银、后石、石码等8个港区的港口行政管理职能。　　 

2006年1月1日，根据福建省政府决定，厦门湾内厦门市所辖的港区与漳州市所辖的后石、石码、招银三个港区合并组成新的厦门港，成立厦门港口管理局，作为全厦门湾港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门。　　 

由于跨行政区划整合港口在全国尚属首例，一体化管理不可避免地存在一些问题。货物单证不统一一直困扰招银、后石、石码港区。由于厦门港一体化管理未得到国家交通部确认，三个港区身份无法变更。招银港区招商局漳州码头公司的货物进出口单证的目的港或始发港口岸名称至今仍然是“漳州港”，颇让船方、货主费解，也为进出三港区的船舶带来不便。此外，一湾两港也带来了重复签证和重复收费弊端，增加船舶在港滞留时间和船方营运成本。此次交通部下文确认，为统一厦门港进出口货物单证、降低船公司运营成本，提高厦门港综合竞争能力创造了有利条件。