随着港区建设的日趋完善和通关环境的优化，南沙新港业务量快速上升，今年前4月进出口总值达到7.7亿美元，比上年同期增长3.1倍。其中出口3.7亿美元，增长1.6倍；进口4亿美元，增长6.8倍。 

据广州海关统计，2004年南沙新港开放之初，港口进出口货物尚未形成规模，2005年港口货运量逐渐攀升，2006年进一步增长达到129.9万吨，比2005年增长1.7倍。2007年首4月，南沙新港进出口货运量持续攀升，达到64万吨，大幅增长81.9%，港口货运量显示出强劲的增长势头。 

目前，包括马士基航运集团在内的世界排名前10位的航运公司，已有9家在南沙新港开辟了航线，国际航线总数量已达15条，覆盖欧洲、美洲、非洲和亚洲多个主要港口。2006年经南沙新港出口货物的运抵国家和地区共计118个，比2005年增加38个；经南沙新港进口货物来自33个启运国家和地区，比2005年增加10个。