东渡港区：近期仍将是全港集装箱运输主体，以既有设施调整、完善为主，同时发展城市旅游、客运功能。配合保税区管委会，抓好保税物流园区建设，开展区港联动，实现国际中转、国际采购、国际配送、国际转口贸易四大功能。远期集装箱运输维持适度规模，并根据城市发展需要，适当调整港区的货运功能，重点发展客运、旅游、仓储、商贸、后勤保障等港口业务，突出为城市服务的功能。

海沧港区：重点发展集装箱中、远洋运输，并为海沧投资区临港工业发展服务。海沧港区将与嵩屿港区共同构成全港集装箱中、远洋运输的主体，形成外贸物资保税集散中心和现代物流枢纽。

嵩屿港区：在现有煤炭、成品油运输基础上重点发展集装箱干线运输，与海沧港区共同服务于全港集装箱中、远洋干线运输。

刘五店港区：是厦门港今后重点发展的港区，发展方向以集装箱运输、临港工业开发为主，并为对台经贸合作和“三通”服务。

客运港区：发展海峡、海湾滚装运输、海空联运，沿海、短途旅客运输以及为城市生活、旅游服务。

招银港区：近期依托开发区和漳州市，远期为整个腹地服务，发展集装箱、散杂货和海湾、海峡客运和滚装运输。

后石港区：为后方重化工业配套的以大宗散货为主的大型临港工业港区。

石码港区：以发展中小泊位为主,为漳州市和龙海市地方物资运输服务。

“十一五”期间，厦门港安排建设完成深水泊位30个，其中集装箱专业化泊位17个、多用途泊位3个，液体化工泊位3个、散杂货泊位6个和通用泊位1个，建设航道项目6项。