港口公共基础设施公益性强，市场化运作余地小，建设资金筹措难度大——个困扰港口界的难题，经过南通港多年的探索、努力，目前得到初步解决。近几年，南通港投入1000多万元用于港口公共基础设施，建设了4块锚地和1条航道，南通港公共基础设施日趋完善，为港口发展提供了很好的基础。

港口公共基础设施是港口发展的硬件，《港口法》规定，锚地、航道等基础性设施由政府投资。依据《港口法》，南通港想方设法加大港口基础设施建设投资力度，以完善的基础设施促进港口发展。南通港原有的长江海轮锚地是临时锚地，面积小，设施陈旧。为了适应港口生产发展，南通由政府投资60多万元扩建长江海轮锚地，设置了3个大型界标，锚地面积由原来的1.46平方公里扩大到2.9平方公里，基本适应了港口过驳生产需要。南通洋口港原来没有减载锚地，为了加快港口建设，南通又由政府投资二百多万元，在洋口海域设置界浮、灯标等助航设施，建成了南通海港的起步工程——洋口减载锚地。如皋港区是南通港危险品码头最集中的港区，但却没有公用的危险品锚地，直接影响了港口危险品生产。南通市港务局和地方政府一起，全力推进如皋港区海轮锚地和南通港危险品专用锚地建设。由于南通财政偏紧，一时不能全资投入，港务局又积极争取省级资金支持。局领导多次去省有关部门汇报情况，得到了省交通部门的支持，将危险品锚地等项目列入省交通厅建设资金补助计划，并补助资金236万元。目前，如皋海轮锚地和危险品锚地工可报告已编制完成批准立项，并通过了省组织的行业审查，即将开工建设。

港口公共基础设施建成后，使用和维护也必须花费一大笔资金，南通市港务局在做好政府工作的基础上，也尽量做活企业的工作，以确保公共基础设施发挥更大的效益。南通营船港航道是一条地方航道，原来是由航道内的码头单位共同出资建设和维护使用的。但随着港口发展，营船港航道通航等级偏低，严重制约了使用该航道的十多家企业的发展。南通市港务局召开了航道内企业协调会，一方面准备待港口企业行政规费到位后，拨出资金维护航道，另一方面也动员企业，根据码头大小和吞吐量多少共同出资维护航道，以解决航道使用的燃眉之急，得到了企业的理解和赞同。目前，营船港航道也已开始整治和正常的维护。南通港的这些做法得到了港口企业的好评。