实行一体化管理一年来，厦门港口管理局按照省政府第44次常务会议确定的改革方案，完成了机构设置、人员安置、职能确定等各项工作，各港区齐心协力做好管理和服务工作，有效促进了港口生产建设顺利开展。2006年全港累计完成货物吞吐量7792.07万吨，为年度计划7000万吨的113.1%，比上年增长16.3%；集装箱吞吐量突破400万标箱，达到401.3万标箱，比增15.7%；港口基础设施建设投资完成26.5亿元，比增74.4%；厦金客运直航航线旅客突破60万人次，达到60.75万人次，比增17.2%。