2006年北海港口生产继续保持良好的发展势头，货物吞吐量、旅客吞吐量、集装箱吞吐量等主要经济指标完成良好，全年港口累计完成货物吞吐量804.15万吨，同比增长4.44%；旅客吞吐量 105.81万人次，同比增长80.31%；集装箱吞吐量完成3.39万标箱，比增42.13%。

2006年北海市港口生产运行总体特点：一是货物吞吐量持续增幅。在“十一五”开局之年，北海市港务局强化港口行业管理，积极推进港口基础设施工程项目建设，帮助企业改善码头装卸软硬件条件，保持了港口生产稳定向好态势，在上年货物吞吐量高基数约束情况下，又促生产再上新台阶。

二是旅客吞吐量超高速增长，突破百万人次大关。随着我市旅游业的发展，海上客运结构转向旅游客运为主，本市陆岛客运、省际客滚运输和国际旅游客运齐头并进，旅客发送量增势强劲。
三是集装箱吞吐量创历史新高。从2006年下半年起，港口企业加强内部管理，注重提高港口操作效率和服务质量，8月份起适箱量增幅成倍扩大，集装箱接卸业务量大幅攀升，迅速逆转了近两年集装箱吞吐量回落的局面。